สารประกอบอินทรีย์คือการรวมกันของโมเลกุลตามธรรมชาติที่ถูกสร้างขึ้นอันเป็นผลมาจากการเติบโตและการสลายตัวของสิ่งมีชีวิต สิ่งนี้ไม่ควรสับสนกับองค์ประกอบที่ไม่ใช่อนินทรีย์เช่นน้ำและแร่ธาตุซึ่งเป็นธรรมชาติ แต่ไม่เกี่ยวข้องกับสิ่งมีชีวิต การเกษตรส่วนใหญ่เกี่ยวข้องกับการรักษาสมดุลที่เหมาะสมของสารประกอบอินทรีย์หรือการใช้สารประกอบอินทรีย์เพื่อแก้ปัญหาการเพาะปลูกโดยเฉพาะ
ฟื้นฟูดิน
หนึ่งในการใช้งานทั่วไปของสารประกอบอินทรีย์คือการเติมสารอาหารที่ลดลงในดินพืช ผู้ปลูกทำสิ่งนี้ได้หลายวิธี การหมุนเวียนพืชสลับระหว่างพืชหลายชนิดทุกสองสามปี พืชที่แตกต่างกันใช้สารอาหารประเภทต่าง ๆ และโดยการสลับไปมาดินสามารถสร้างสารประกอบอินทรีย์ที่จำเป็นผ่านการย่อยสลายพืช ผู้ปลูกยังสามารถเพิ่มสารอินทรีย์ต่าง ๆ เช่นฟอสเฟตลงไปในดินด้วยตนเองเพื่อช่วยเติมสารชีวมวลในดิน
คุ้มครองสังเคราะห์
สารประกอบอินทรีย์สังเคราะห์เป็นสารเคมีที่มีความสัมพันธ์ในธรรมชาติ แต่มีการผลิตทางวิทยาศาสตร์แทนตามธรรมชาติ สารประกอบเหล่านี้มักถูกใช้ในสารกำจัดศัตรูพืชอินทรีย์ที่ออกแบบมาเพื่อกำจัดศัตรูพืช แต่ไม่ก่อให้เกิดความเสียหายต่อสิ่งแวดล้อมเช่นเดียวกับสารเคมีสังเคราะห์ที่ยังไม่พบในสภาพแวดล้อม ผู้ปลูกบางรายใช้สารอินทรีย์ในรูปแบบธรรมชาติเช่นดินขาวเพื่อปกป้องพืชจากเชื้อราและแมลง ในขณะที่พืชไม่ต้องการสารประกอบเหล่านี้เพื่อความอยู่รอด แต่ก็มีชั้นปกป้องที่จำเป็นเพื่อให้พืชสามารถเจริญเติบโตได้อย่างแข็งแรง
เชื้อรา
เชื้อราอาศัยอยู่ในดินปลูกและเติบโตในพืชที่ปลูก เชื้อราที่เป็นประโยชน์เหล่านี้เรียกว่า Vesicular Arbuscular Mycorrhizal สร้างความสัมพันธ์ทางชีวภาพกับพืชที่ทำให้พืชดูดซับสารอาหารและน้ำได้ง่ายขึ้น เกษตรกรผู้ปลูกเพิ่มเชื้อรานี้เพื่อช่วยเสริมสร้างดินและส่งเสริมการเจริญเติบโตของพืชที่มีสุขภาพดี
