สารสกัดจากใบมะละกอสามารถใช้เป็นยาฆ่าแมลง
สารสกัดจากใบมะละกอสามารถใช้เป็นยาฆ่าแมลงกับสิ่งมีชีวิตต่าง ๆ และตัวอ่อนของพวกมันเช่นยุงเพลี้ยหนอนผีเสื้อและหนอน สารประกอบที่เป็นพิษในสารสกัดจากใบมะละกอที่เป็นยาฆ่าแมลง ได้แก่ อัลคาลอยด์ปาเปนและไซยาโนเจนไกลโคไซด์ ยาฆ่าแมลงอเนกประสงค์สามารถสกัดได้จากใบมะละกอโดยทำการบดและแช่ไว้ในน้ำข้ามคืน ส่วนผสมนี้ทำให้เครียดและเจือจางด้วยการเติมสบู่และตัวทำละลาย สารละลาย (และย่อยสลายได้ด้วยน้ำ) นี้จะถูกฉีดพ่นบนพืชพืชและผลิต นอกจากจะมีคุณสมบัติในการฆ่าแมลงแล้วสารประกอบของใบมะละกออื่น ๆ เช่นฟลาโวนอลและแทนนินยังแสดงคุณสมบัติของยาต้านจุลชีพ
ปาเปน
ยาฆ่าแมลงใบมะละกอมีปาเปนเอนไซม์โปรตีโอไลติกที่แยกโปรตีนออกเป็นสารประกอบขนาดเล็กเช่นกรดอะมิโน ปาเปนเมื่อฉีดพ่นลงบนพืชจะเป็นตัวยับยั้งการเข้าทำลายของหนอนผีเสื้อและการบริโภคใบ อย่างไรก็ตามนักวิทยาศาสตร์ยังไม่เข้าใจกลไกที่แม่นยำที่ปาเปนใช้งานได้ การวิจัยดำเนินการในประเทศญี่ปุ่นโดยองค์กรต่าง ๆ เช่นสถาบันวิทยาศาสตร์เกษตรศาสตร์แห่งชาติเสนอว่าปาเปนเป็นพิษต่อแมลงกินพืชเป็นจำนวนมาก
ลคาลอยด์
ยาฆ่าแมลงใบมะละกอมีสารอัลคาลอยด์เช่นคาร์เพน นี่คือ "anthelmintic alkaloid" และเป็นที่รู้จักกันดีในการใช้เป็นยาพื้นบ้านในการขับพยาธิไส้ในลำไส้และปรสิตอื่น ๆ อัลคาลอยด์เช่นคาร์เรนทำงานโดยการทำให้หลอดเลือดหดตัวและกดระบบประสาทอัตโนมัติ สารประกอบนี้มีผลต่อประสิทธิภาพของยาฆ่าแมลงในการควบคุมตัวอ่อนของยุงก้นปล่องซึ่งเป็นพาหะนำโรคมาลาเรีย ผู้ใช้พ่นยาฆ่าแมลงในสระน้ำนิ่งที่ยุงวางไข่ อัลคาลอยด์ฆ่าลูกน้ำทำให้วงจรชีวิตของยุงรบกวนและป้องกันการแพร่กระจายของเชื้อมาลาเรีย
ไซยานออยล์ไกลโคไซด์
ไซยานอนิคส์ไกลโคไซด์เป็นสารประกอบที่เกิดขึ้นตามธรรมชาติในใบมะละกอซึ่งแตกตัวเป็นไซยาไนด์ ไซยาไนด์เองนั้นเป็นพิษต่อสิ่งมีชีวิตเพราะมันยับยั้งออกซิเจนจากการถูกใช้ในกระบวนการทางชีวภาพ นักวิจัยที่กระทรวงเกษตรสหรัฐฯและภาควิชากีฏวิทยาที่มหาวิทยาลัยแห่งรัฐไอโอวาทำการทดสอบแมลงและค้นพบว่าสารประกอบไทโอไซยาเนต (พบในใบมะละกอ) รบกวนการหายใจของแมลง
